FORMATIONS

Master Microbiologie (MIC)

La microbiologie est une discipline qui concerne une multitude de secteurs professionnels au cœur des activités du XXIe siècle.

La microbiologie est une discipline qui intéresse de nombreux secteurs d’activités aussi bien industriels qu’académiques. Les microorganismes ne sont pas seulement des pathogènes ou des commensaux qui intéressent le milieu médical, l’hygiène et la santé (microbiote humain, dysbiose et pathologies, dissémination des résistances aux antibiotiques…) ou des objets d’études complexes pour une recherche académique (valorisée par la diffusion des connaissances) ; ils sont devenus des alliés incontournables des nouvelles biotechnologies dans des secteurs aussi divers que les industries pharmaceutiques (médicaments recombinants, antibiotiques…), cosmétiques (adjuvant ou base active), agro-alimentaires (épaississants, fermentations diverses, probiotiques…), des matériaux (bio-polymères), de l’énergie (production de biogaz ou d’énergie électrique, électrosynthèse…), du traitement des eaux usées ou potables, … Ils sont à la base de nombreux outils utilisés en génie génétique (CRISPR-Cas9, sondes moléculaires, enzymes de restriction…). Ils s’invitent également, et en particulier les bactéries, par les dommages qu’elles peuvent causer (par biocorrosion ou bio-salissures par exemple) dans des secteurs aussi que inattendus que l’aéronautique, la navigation civile et militaire, la conservation des œuvres d’art, le génie civil, tous les systèmes de distribution d’eaux potables, et d’eaux de refroidissement, …). Ils sont aussi au cœur des recherches concernant le développement durable (production d’énergie renouvelable) ou des partenaires précieux de la protection de l’environnement (bio-remédiation des sols et des eaux). Ils sont les principaux acteurs des enjeux sociétaux et environnementaux actuels (réchauffement climatique et cycles biogéochimiques) et de l’approche OneHealth.


Objectifs de la formation

Il s’agit de former des cadres spécialisés en microbiologie pouvant intervenir dans les nombreux secteurs où les connaissances en microbiologie sont requises ou peuvent être un atout. Ces cadres pourront ainsi exercer dans divers secteurs industriels, dans des services liés à l'environnement naturel, industriel – dont les biotechnologies et l’agro-alimentaire – ou urbain mais aussi au sein d’institutions liées à la santé et/ou à la recherche académique en lien direct avec la discipline.


Organisation de la formation

Diplôme national de master contrôlé par l’État

  • La première année du master (M1) avec les semestres S7 et S8 comporte des unités d’enseignement (UE) permettant une progression des acquis, en partant d’un socle de connaissances de bases dans la discipline (UE 703 – microbiologie fondamentale) vers des UE plus spécialisées de 3 ECTS (UE 802 - régularisations et signalisation et 803 - organisation des génomes). L’UE disciplinaire majeure de 9 ECTS (UE 703) en virologie, bactériologie (dont archées) et mycologie fondamentale est complétée par une UE d’écologie microbienne de 3 ECTS (UE 705). Ce socle de connaissances en microbiologie est complété par deux UE majeures de méthodologie spécifique à la discipline (UE 706 – Méthodologies expérimentales I de 9 ECTS et 801 - Méthodologies expérimentales II de 6 ECTS). L’étudiant de master y acquiert les techniques et gestes de base spécifiques à la discipline, mais il s’initie également à une démarche expérimentale par l’EC « Mise en situation expérimentale » où il doit mettre en œuvre une méthodologie pour répondre à une problématique scientifique en travaillant en équipe.
    Une UE de 3 ECTS dédiée aux statistiques appliquées à la microbiologie et à la bioinformatique (UE 704) apporte les principes de bases des biostatistiques à partir de situations tirées de la microbiologie et de la biologie moléculaire.
  • Des UE transversales et d’internationalisation sont proposées en S7 et S8. Elles permettent de travailler les outils indispensables au développement professionnel dans la spécialité : Veille technologique et scientifique (UE 805) et Anglais scientifique (UE 702 avec accompagnement dans l’expression orale scientifique au travers de la préparation d’un poster) ainsi que les outils d’insertion professionnelle et de management de projet (UE 701 - Projet professionnel et aide à l'insertion professionnelle et UE 804 Organisation de rencontres étudiants-professionnels). Enfin, des UE optionnelles de 3 ECTS choisies parmi quatre permettent aux étudiants d’orienter leur spécialisation au cours du S8 : Biofilms des milieux naturels, industriels et médicaux (UE 806); Data analysis in R (UE 807, en anglais) ; Microbiologie alimentaire (UE 808); Dissémination de l'antibiorésistance : un enjeu en santé (UE 809).
  • La seconde année du master (M2) avec les semestres S9 et S10 comporte une seule spécialité Microbiologie. Elle permet aux étudiants d’approfondir leurs connaissances théoriques au cours du S9 avec les UE d’une des deux orientations (ORI) qu’ils ont choisie :
    • RIM : Recherche et innovation en microbiologie moléculaire
      Profil recherche [1] : formation par la recherche avec immersion en laboratoire dès le S9
    • MESI : Microbiologie environnementale, sanitaire et industrielle
      Profil recherche et professionnel [1] dans les domaines de la microbiologie environnementale, sanitaire, et industrielle.
[1]On entend par
profil recherche : une formation qui vise à la formation par la Recherche (appliquée ou fondamentale) avec une insertion professionnelle en CDD au travers d’un doctorat d’Université (3 ans) puis une insertion professionnelle en CDI (une activité de recherche post-doctorale de 1 à 3 ans, à l’étranger de préférence, est recommandée pour une insertion en poste académique)
- profil professionnel : une formation qui vise à l’insertion professionnelle en CDI directement après le Master.

Deux UE sont transversales de 3 ECTS s’adressent aux 2 ORI) : l’UE 901 concerne la communication scientifique internationale avec des conférences scientifiques et une préparation à la communication scientifique écrite et orale (en anglais) en continuité avec l’UE d’anglais de M1. L’UE 903 comprend la préparation à l’insertion professionnelle ainsi que la gestion de projet.

L’ORI RIM propose 3 UE majeures de 6 ECTS (UE 909, 910, et 911) axées sur la génomique, la protéomique et la transcriptomique. Elles sont dispensées au travers de projets tuteurés réalisés par les étudiants en groupe et en laboratoire directement avec l’accompagnement d’enseignants. Ces enseignements sont complétés par une UE de Bioinformatique de 3 ECTS (UE 912) et une UE optionnelle de 3 ECTS choisie parmi des UE de MESI.

L’ORI MESI propose trois UE majeures de 6 ECTS :

- UE 904 : Qualité des milieux, contrôles et risques microbiens ;

- UE 905 : Bioremédiation et valorisation des microorganismes ;

- UE 906 : Bioréacteurs et fermentation.

Ces enseignements sont complétés par deux UE de 3 ECTS choisies parmi 4 UE proposées sur les thèmes de la microbiologie clinique (UE 907), les interactions plantes – microorganismes (UE 908), la bioinformatique (UE 912), la démarche qualité, environnement, sécurité, qualité et prévention des risques en milieu industriel (UE 902).

  • Stages : un stage de 2 mois au S8 du M1 (4 mois maximum) et un stage de 6 mois au S10 du M2. Ces stages peuvent être effectués en France ou à l’étranger dans différentes structures ayant des problématiques et des questionnements en lien avec la discipline (entreprises, laboratoires académiques…). Ces stages donnent lieu à un rapport écrit et une soutenance orale (en anglais ou en français pour le M2).

Compétences acquises à l’issue de la formation
  • BC1 : Usage avancé et spécialisé des outils numériques
    • Identifier les usages numériques et les impacts de leur évolution sur le ou les domaines concernés par la microbiologie,
    • Se servir de façon autonome des outils numériques avancés pour un ou plusieurs métiers ou secteurs de recherche du domaine de la microbiologie.
  • BC2 : Développement et intégration de savoirs hautement spécialisés dans le domaine de la microbiologie
    • Mobiliser des savoirs hautement spécialisés, dont certains sont à l’avant-garde du savoir dans un domaine de travail ou d’études, comme base d’une pensée originale,
    • Développer une conscience critique des savoirs dans un domaine et/ou à l’interface de plusieurs domaines,
    • Résoudre des problèmes pour développer de nouveaux savoirs et de nouvelles procédures et intégrer les savoirs de différents domaines,
    • Conduire une analyse réflexive et distanciée prenant en compte les enjeux, les problématiques et la complexité d’une demande ou d’une situation afin de proposer des solutions adaptées et/ou innovantes en respect des évolutions de la règlementation,
    • Analyser la faisabilité socio-économique et commerciale des solutions proposées.
  • BC3 : Communication spécialisée pour le transfert de connaissances
    • Identifier, sélectionner et analyser avec esprit critique diverses ressources spécialisées pour documenter un sujet et synthétiser ces données en vue de leur exploitation,
    • Communiquer à des fins de formation ou de transfert de connaissances, par oral et par écrit, en français et dans au moins une langue étrangère.
  • BC4 : Appui à la transformation en contexte professionnel
    • Gérer des contextes professionnels ou d’études complexes, imprévisibles et qui nécessitent des approches stratégiques nouvelles,
    • Prendre des responsabilités pour contribuer aux savoirs et aux pratiques professionnelles et/ou pour réviser la performance stratégique d'une équipe,
    • Conduire un projet (conception, pilotage, coordination d’équipe, mise en œuvre et gestion, évaluation, diffusion) pouvant mobiliser des compétences pluridisciplinaires dans un cadre collaboratif,
    • Analyser ses actions en situation professionnelle, s’autoévaluer pour améliorer sa pratique dans le cadre d'une démarche qualité,
    • Respecter les principes d’éthique, de déontologie et de responsabilité environnementale,
    • Respecter les règles d'hygiène et sécurité, de traçabilité, de probité intellectuelle et de propriété industrielle.
  • BC5 : Usage avancé des outils de statistiques pour résoudre des questions relatives à la microbiologie (dont la microbiologie moléculaire)
    • Mise en œuvre d'outils statistiques pour l'analyse de données,
    • Utilisation de modèles théoriques et prédictifs (calcul, simulation, modélisation, ...).
  • BC6 : Mettre en œuvre et réaliser en autonomie une démarche expérimentale pour répondre à une problématique en microbiologie
    • Analyser les situations complexes en microbiologie, émettre des hypothèses de travail en fonction des domaines d'application et proposer des stratégies expérimentales permettant de valider celles-ci,
    • Appliquer les méthodologies récentes permettant l’étude des micro-organismes, de leur activité, de leur diversité et de leur évolution, afin de conduire en autonomie un protocole expérimental dans le domaine de la microbiologie industrielle, médicale ou environnementale,
    • Concevoir et réaliser en autonomie une démarche expérimentale pour répondre à une problématique où les microorganismes sont au cœur des réactions et transformations biologiques en lien avec leur environnement (biotique ou abiotique).
  • BC7 : Caractériser et valoriser son identité, ses compétences et son projet professionnel

Débouchés
  • La formation du Master MIC conduit à l’issue du M2 soit à un emploi au niveau cadre ou cadre supérieur, soit à une activité salariée (contrat de 3 ans en doctorat renforçant la formation par la recherche) permettant d’accéder aux métiers de la recherche fondamentale ou appliquée au niveau cadre supérieur.
  • Les métiers visés sont cadre supérieur en recherche et développement, enseignant chercheur, chargé de recherche, chargé d'études, chef de projets, responsable de laboratoire d'analyses ou d'études, responsables de production, ingénieur contrôle qualité… des secteurs publics (établissements universitaires, EPST [2] comme CNRS, INRAE, INSERM…, ANSES, INRS…)  et/ou privés (EPIC [2] comme CEA, Ifremer, BRGM…, agences de l’eau, collectivités territoriales, bureaux d’études, entreprises…).
  • Les domaines d’activité concernés sont très variés comme l’agro-alimentaire, l’hygiène, la santé et l’environnement, l’eau industrielle et de consommation humaine, le contrôle qualité, la gestion des ressources naturelles, la transformation et la valorisation des biomasses, l’amélioration de la santé humaine, animale et végétale, l’ingénierie des protéines, le génie génétique…
[2] EPST : Établissement public à caractère scientifique et technologique ; EPIC :  Établissement public à caractère industriel et commercial

Lieux de formation
  • Université de Lorraine (Nancy) : Faculté des Sciences et Technologies (site FST Vandœuvre-lès-Nancy), 
  • Faculté de Pharmacie (site Biologie-Santé Brabois),
  • ENSAIA

Conditions d'admission
  • 1re année (M1) : Les candidatures des titulaires d’une licence sciences de la vie (ou équivalent) ou titulaires d’une autre licence (chimie, sciences de la terre...), d’une université française, d’un autre diplôme français (BUT) ou d’un diplôme étranger seront examinées par l’équipe pédagogique.
  • 2e année (M2) : admission de droit à l’issue de la 1re année du master MIC. Les candidatures des étudiants d’un autre master (français ou étranger) et des élèves-ingénieurs ayant accompli deux années de formation et des étudiants en santé (admission possible en M2 après la cinquième année) seront examinées par l’équipe pédagogique.

Conditions d’inscription à la certification
  • en contrat d’apprentissage : oui
  • en formation continue : oui
  • en contrat de professionnalisation : non
  • par validation des acquis de l’expérience (VAE) : oui


Ouverture à l’internationale
  • Lors de la formation, un accent est mis sur l’anglais scientifique avec les UE ‘Anglais scientifique’, ‘Veille technologique et scientifique’, ‘Biostatistiques’ et ‘Bio-informatique’ dans lesquelles des enseignements en anglais sont prévus.
  • Au cours de cette formation, les étudiants ont la possibilité de faire leur(s) stage(s) à l’étranger et de rédiger leur rapport en anglais.
  • Des enseignements en langue anglaise peuvent être proposés en M2 pour permettre l’inscription d’étudiants anglophones européens ou non.